水箱由于太阳能热水器的水源是经过储水箱的储存，经热能转换后成为热水又供给用户，所以热水器的内外质量是影响使用卫生的关健。太阳能热水器水箱有采用铝、铝合金、不锈钢、石英玻璃等材料制成，不锈钢优于其他铝材、角铁、彩钢等材料，储水质量和保温性能较好，不易出现水垢、锈迹。
自来水从水厂输出后，流入输水管网再到各个用户的过程中，就有可能再次受到污染。例如输水管、水箱的内壁都是与生活用水接触密切的部位，其内壁涂料的质量会直接影响到水质，如果太阳能储水箱的密封不严，铝制或铁制的水箱内易生锈、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性的成分溶入水中，就造成了对水质的污染。
输水管由于输水管的材质直接影响饮用水质量，为保护人体健康，国家要求卫生标准必须符合《生活饮用水输配水设备及防护材料安全性评价规定》，所以传统的铸铁输水管易生锈，已被淘汰，取而代之的是塑料管材，目前硬质聚氯乙烯(PVC-U)主要用于城市供水、排水和建筑给、排水等的输送管道。
众所周知，太阳能热水器使用的塑料输水管道输送的是热水，因此输水管必须要具备耐高温、耐严寒、耐老化、无毒无味的高标准。然而许多不法生产企业甚至用工业、生活的废脚料生产输水管。
这样一来，不合格的塑料输水管经太阳能热水器的热水“浸蚀”，管道中的有机物经加温后会释放并溶解于水中，如残留的二氯乙烷可通过皮肤和食道进入人体内，短期接触刺激眼睛皮肤和呼吸道，可能对中枢神经系统及肺部造成危害，长期或反复接触可能会引起皮炎，可能对肝、肾和黏膜发生作用;其残留的氯乙烯短期接触会刺激眼睛，长期或反复接触可能对肝、血管和结缔组织发生作用，引发慢性疾病。
太阳能热水器的日常维护
1.配管施工时，输水管内可能沾有尘埃或油味，首次使用时可放松水龙头先排除杂物。
2.集热器下端的清洁排除口，依使用水质状况作定期的排放，排水时间可选于早上集热器较低温时。
3.集热器透明盖，依地区落尘量而作定期的擦试，下雨时能起到自行清洗，保持表面清洁可得到较高的集热效率。
4.连续晴天多日不使用热水时，其热水温度可达70℃~80℃，请小心烫伤。
5.水龙头出口端有滤网装置，水管内的水垢杂物会聚集于此网，应定期自行拆下清洗，可加大水量流出顺畅。
6.太阳能热水器每一年半到两年就需要进行清洗、检查、消毒，用户可请专业的清洗公司进行清洗，平时也可以自己动手做一些消毒工作，如用户可买些含氯的消毒药剂往进水口中倒进去，让其浸泡一段时间，再放出，能起到一定的消毒杀菌效果。
虽然有报道称太阳能热水器使用不当会对人体造成一定的影响，但是只要您正确使用太阳能热水器(如不饮用经过热水器加热的水等)并定期对其进行保养清理的话，那么您便可放心使用家中的热水器，不用再担心它的危害问题了。
